荧光利用一定波长的激发光对样品进行激发，使之产生一定波长的荧光，从而用于对样品结构或组分进行定性，定位，定量的观察检测。起到放大作用，检出能力高；对细胞的刺激小，可以活体染色；能进行多重染色。
国产荧光显微镜允许用户决定单个分子种类的分布、数量及其在细胞内的位置，可以实现共区域化和相互作用的研究，离子浓度以及观察细胞内间的胞吞和胞吐过程。
国产荧光显微镜是将较精锐的光学显微镜技术、较先进的光电转换技术，数码成像技术结合在一起而开发研制成功的高科技产品，既可人工观察显微图像，又可以通过数码相机很方便地适时观察显微图像，并可随时记录观察图片，从而对观察图像进行分析，处理等，还可以冲洗或打印出高像素数码显微照片。主要用以研究在透射光和反射光下培养瓶、皿中的细胞、培养组织和沉积物和人类血液和组织样本研究，观察活细胞的细胞内观察，细胞之间的连接，活动，生长，电位测量，药物反应，微创，体外受精，毒性实验，膜片钳，离子测量，数码记录，自动连续时间点观察，反卷积运算，分子结构的观察，光子钳，单分子检测。
其基本构造是由普通光学显微镜加上一些附件(如荧光光源、激发滤片、双色束分离器和阻断滤片等)的基础上组成的。荧光光源一般采用超高压汞灯(50一200W)，它可发出各种波长的光，但每种荧光物质都有一个产生强荧光的激发光波长，所以需加用激发滤片(一般有紫外、紫色、蓝色和绿色激发滤片)，仅使一定波长的激发光透过照射到标本上，而将其他光都吸收掉。
