倒置生物显微镜除了具体传统显微镜的明场观察功能外，比如观察培养皿里的贴壁细胞或悬浮细胞，更主要的用途是作为免疫荧光观察的工具；利用相应的荧光染料对抗体进行标记，通过倒置生物显微镜观察，就可以判断抗体是否与病毒细胞进行结合，在细胞核中发现抗体荧光特征，就证明了病毒的存在，这是免疫荧光的直接法观察。
此外还有间接法免疫荧光观察方法，该方法对操作人员的经验要求比较高。在病毒实验中，斑点荧光检测法应用也是非常广泛的，该方法是对二抗进行相应的荧光染料标记，然后再利用倒置生物显微镜进行检测，如果存在被病毒感染的细胞，就能形成对应的荧光斑点。
倒置生物显微镜观察到的荧光图像具有形态特征，具有荧光颜色和亮度。在判断结果时，必须结合起来作出的判断。结果是根据主观指标，即工人的眼睛来记录的。作为一般的定性观测，它基本上是的。随着科技的发展，客观指标被用来记录判断结果，如使用细胞分光光度计、图像分析仪等仪器。但是，这些文书所记录的结果也必须与主观判断相结合。
倒置生物显微镜摄影对于记录荧光图像是非常必要的。由于荧光容易褪色和减弱，因此有必要对实时照相的结果进行记录。该方法与普通显微摄影方法基本相同。只需使用高速光敏膜，如ASA200或以上或24。由于紫外光对荧光的猝灭效应很大，如荧光标记物FITC等，在紫外光照射30s时，荧光亮度下降了50%，因此曝光速度太慢，无法捕捉到荧光图像。一般研究倒置生物显微镜有半自动或全自动显微摄影系统。
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