国产生物显微镜的内反射荧光技术利用全内反射产生的消逝波激发样品，使样品表面数百纳米厚的薄层内的荧光团受到激发，再用高灵敏度和高时间分辨率的摄像机CCD来捕捉荧光并用计算机进行显像，从而实现对生物样品观测的一种新生技术。
理论上，任何光学系统都不能生成理想的像，因为客观条件下，各类像差的存在影响了国产生物显微镜成像质量。除了像差之外，还有一些自身存在的因素影响成像质量。主要有如下几点：
1、在使用时，被检物体做的比较标准很重要。如：切片厚度是否太厚，盖玻片是否符合标准等。
2、聚光镜孔径光栏尽量和物镜的数值孔径相符，才能得到较好的图像分辨率。
3、物镜按档次可分为6～8个档，较常用的为平场消色差物镜。如镜头档次太低，则成像质量会下降。因此，建议选择平场以上档次物镜。
4、载物台在观察切片时，常做X、Y轴的移动。如：双层机械移动台，精度和稳定性较好，能在观察显微图像时提供好的成像质量。
5、调焦系统作为机械部分的重要部件，调焦精度也非常重要。对于生物学初学者或刚接触该设备的操作者，熟练使用调调焦系统，能快速找到图像并聚焦，提高工作效率。
6、非球面聚光镜能提供非常均匀的照明光线，所观察到的显微图像衬度较佳。
7、照明系统如采用温度低，色温较高的照明装置，观察到的是分辨率和锐利度较高的显微图像。
8、视场光栏应根据观察不同的被检物体和物镜倍率开启到合适的位置，如开得过大或过小显微图像的视场亮度会受到影响。
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